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2020/12/2 6:48
物理学や化学の法則から遺伝暗号の起源を説明するための精巧なスキームは、コードについての全体的な論点について的を外しています。スティーブン・メイヤーの『Signature in the Cell』や、サキストン、ブラッドリー、オルセンと寄稿者による『The Mystery of Life’s Origin: The Continuing Controversy』(増補再版) のようなIDの本は、この点を十分に明らかにしています。意図的か否かにかかわらず、生命の起源の研究者はコードについての主要なポイントを無視し続けています。すなわちコードとは、メッセージを伝えるために使用できる情報を表す抽象的な記号の集合であり、コードとメッセージの両方が精神を前提としています。逆に、もし物質的なプロセスが一連の構成要素の配置を説明できるのであれば、それはコードでもメッセージでもありません。
コードは、印刷されたページの上の文字や、宇宙空間を通る無線パルスのような物質的な構成要素を利用することができるかもしれませんが、コードの本質は、それが伝えることができる情報です。メッセージの本質は、メッセンジャーからの意図された意味です。その意味は、生きたものである場合もあれば、プログラムされたものである場合もあります。いずれにしても、コードやメッセージは、伝達しようとする意図を持った精神の先見性を伝えています。
過去36年 (以上)に渡り、IDの科学者たちがコードのこの基本的な側面を主張してきたのに、他の科学者たちがコードは精神のないプロセスから生まれるという誤った考えに終始しているのを見るのは悲しいことです。もしそれが本当なら、それは奇跡に相当するでしょう。インテリジェントデザインが必要とすると考えている「奇跡」を否定したいのであれば、進化論者の必要とする偶然の奇跡について、デザイン擁護者は何と言うべきでしょうか?説明のツールキットを「自然法則」に限定したいのであれば、確率の法則はどうでしょうか?
ケース1: 熱力学からのコード
Quarterly Reviews of Biophysicsの中で、クルンプ、フェルカー、ブレスラウアーは、既存のDNAコードはエネルギー安定性のために最適なものとして自然選択されたという主張を試みています。意図されている意味があの自然選択であることは、「Energy mapping of the genetic code and genomic domains: implications for code evolution and molecular Darwinism」というタイトルからも明らかです。言い換えると、正確な複製が自然選択の前提条件であるという一般的な理解にもかかわらず、彼らは自然選択がプレバイオティクス生命にまで及んだと提案しているのです。この場合、選択は熱力学の法則によって行われます。このことは、ラトガース大学のニュース記事のタイトル 「Genetic Code Evolution and Darwin's Evolution Theory Should Consider DNA an 'Energy Code' — 'Survival of the fittest' phenomenon is only part of the evolution equation」で明らかにされています。しかし、「分子ダーウィニズム」が創造した「エネルギーコード」の中で、意味 (意味論) はどのように出現するのでしょうか?彼らの仮説は、この要件を完全に無視しています。
「DNA遺伝暗号の進化の起源と すべての生物種の進化の起源は、その分子DNA青写真の異なるエネルギープロファイルに埋め込まれている。熱力学の法則の影響を受けて、このエネルギーコードは、天文学的な数の代替可能性の中から、すべての生物種にまたがるほぼ単一のコードに進化した。」科学者たちは、このいわゆる「普遍的な謎」を調査した。遺伝暗号が何兆もの可能性から生じたほぼ統一された青写真に進化したという驚くべき観察の起源を探った。科学者たちは、「適者生存」という画期的なダーウィン進化論の基礎を、「分子ダーウィニズム」にまで拡大した。 ダーウィンの革命的な理論は、ある環境で「自然選択」を通して生存を可能にする種の身体的特徴が世代を超えて持続することに基づいている。 分子ダーウィニズムは、そのような形質をコードする分子DNAの領域が異常に安定しているために世代を超えて持続する身体的特徴について言及するものである。[強調追加]
彼らの議論は、多元宇宙仮説に似ています。「何兆もの可能性」のうち、宇宙は自然に複雑な生命を可能にする条件で選択され、それにより私たちはここにいる！ということです。「分子ダーウィニズム」の物語では、熱力学の法則が、安定したDNAの構成要素の配置を「選択」したのです！そしてほら、機能的な情報も！それが、すべての生命体がそれを使う理由なのです！(論理の飛躍に注意してください。)
ラトガース大学の人々は情報には触れていません。彼らは「分子ダーウィニズム」が生物学的機能を可能にしたり、有利にしたりするかもしれないことをほのめかして、事後的な方法で機能に言及しているだけです。
異なるDNA領域において、特定の生物学的機能を可能にする生物の物理的構造を有利にするかもしれない微分エネルギーシグネチャを提示できる、とブレスラウアーは述べている。
論文からの以下の引用は、学術的に意味不明な言葉遣いの古典的な例として評価されるように読まなければなりません。要するに、彼らは熱力学の第二法則、まさに情報を劣化させる法則から遺伝暗号を導き出しているのです！
象徴的なDNAの遺伝暗号をエネルギー微分で表現すると、生物学的な結果を含む化学配列に埋め込まれた情報は、特有の自由エネルギープロファイルと相関していることが観察される。具体的には、コドン使用量とコドン自由エネルギーの間に相関が見られ、コドン使用量の熱力学的選択が示唆されている。古代のアミノ酸と考えられているものとコドン自由エネルギーの値が高いものとの間にも相関が見られた。このような相関関係は、配列ベースの遺伝暗号が根本的にエネルギーのコードとしてマッピングされていることを反映しているのかもしれない。このような観点では、遺伝暗号はコドンが一連の連続的な遷移と転換を経て互いに「進化」することを可能にする連結した熱力学的サイクルから構成されているという描像が成り立ち、それらは熱力学的因子と運動論的因子の両方によって調節されるエネルギー地形に影響される。このように、遺伝暗号の初期進化は、部分的には遺伝子産物の機能性のみによるのではなく、微分エネルギーにより駆動された可能性がある。このようなシナリオでは、進化的圧力は部分的に、表現型適応有利性 (自然選択) によって駆動されるという古典的な観点に加えて、生物物理学的特性 (例えば、相対的な安定性や相対的な速度) の最適化に由来することが可能になる。遺伝暗号のこのような微分エネルギーマッピングは、より大きなゲノム領域と同様に、エネルギー的に解決され進化したゲノム地形を反映している可能性があり、微分エネルギー駆動型の「分子ダーウィニズム」の一種であることと一致している。熱力学は、すべての時間スケールと長さスケールにわたって作用する最も一般的で普遍的な科学の一分野であるため、コードの進化が微分エネルギー学の影響を受けたのは驚くべきことではない。
DNAの二重らせんの安定性は、その情報量とは何の相関もありません。DNA鎖全体でおそらくはA-G-T-C-A-G-T-Cの繰り返し配列が最も安定しているかもしれませんが、それは何のメッセージも伝えず、何の機能も持ち合わせていないでしょう。エントロピーから脱却した「エネルギーコード」は、洗練された機能を持つ分子機械には決して翻訳されないでしょう。著者らは、既存のコードが安定していて、情報が豊富になる可能性を持っているから、自然に情報が豊富になるように選択されるだろうと仮定しています。これはナンセンスです。ショッピングカートが3つの車輪ではなく4つの車輪を持つようになってより安定すると、食料品で満たされることが保証されるでしょうか？どれだけのレトリックを用いてもこのようなアイデアを擁護することはできません。
著者らは、自分たちの仮説にはまだ長い道のりがあることを認識しています。
次のステップには、ヒトゲノムの化学配列を「エネルギーゲノム」に再構築してマッピングし、エネルギーの安定性が異なるDNA領域を物理的構造や生物学的機能と相関させられるようにすることが含まれる。
頑張ってください。いくら研究しても、欠陥のある前提を正当化することはできません。
ケース2: 自然の配列
もう一つの論文は、物質的な過程によってコードを得ようとしています。それは、PNASにあるイノウエらによるもので、「Evolution of the genetic code; Evidence from serine codon use disparity in Escherichia coli. 」です。このチームは、1つのアミノ酸が2つから6つのコドンで表現できる同義コドンの概念を引き出しています。例えば、セリンのコードは、AGU/C (1つの「箱」) またはUCU/C/A/G (2つ目の箱) で表すことができます。これは、1つの箱から他の箱に移動するために2つの塩基置換を必要とする唯一のケースです。「これがどのようにして生まれたのかを解明することで、生命の起源や遺伝暗号についての重要な洞察が得られるだろう」と、著者らは見込みを述べています。
著者らは、アミノ酸を系統樹に整理しようとしています。生命の起源では、7つのアミノ酸しか使用されておらず、その後、アラニンはセリンの第二のボックスに分岐した、と彼らは提案しています。彼らは、同義のコドンを最も多く持つものが最初に進化し、その後、単一のコドンを持つものが進化したと仮定しています。バクテリアに存在するアミノ酸の種類を数え、遺伝暗号がどのように進化したかのシナリオを考え出します。奇妙なことに、このスキームには単語の情報がないのです。これらのコドンはどのようにして機能に変換されるのでしょうか？なぜか、彼らはそれを「獲得」するのです。啓蒙の夜明けです！
アラニン残基がセリンに置換されることにより、タンパク質がより親水性の高いものになるだけでなく、場合によっては、タンパク質が酵素機能を獲得したり、リン酸化やアセチル化などのタンパク質修飾のためのサイトが提供されることもある。
この考え方を続けることに意味はありません。すべてが混乱しています。
そのためさらに進むと、タンパク質のAGUやAGCがコードするセリン残基は、UCXがコードするセリン残基とはもともと異なる機能を持っていたのではないかと予想される。それ以来、2つの異なるセリンコドンが進化の過程で十分に混ざり合ってきた。
この論文で科学的方法が機能しているとは読まない方がいいでしょう。寝物語として読んでください。
コドン表 (表1) を見ると、遺伝コドンがどのように進化してきたのか、隠されたストーリーを解明できると思われる。20個のアミノ酸の中で最も単純で、したがって最も原始的なアミノ酸はGGXかGlyであるという仮説に基づくと、他のアミノ酸のコドンはGGXから進化したと提唱される。コドン進化の第二段階では、7つのアミノ酸のコドンの新しいセットが出現し....
出現した。そうです、ダーウィンのおかげで、私たちはコードやメッセージ、その他の不思議なものが、すべて自分自身の力で、物質から出現することを知っています。
コードにある力
ダーウィンのメカニズムに自分自身を限定する唯物論者は コードを得るための自然な方法を模索し続けています。彼らはエネルギーに注目します。構成要素に注目します。構成要素をエネルギーに結びつけます。しかし、延長コードをそれ自体に接続するように、システムの中には、唯物論者の想像の中の不確かな物語を介する以外に、「出現」する力は存在しません。メイヤー、サックストン、およびその他の人々は、コードにある力は、情報に接続されたときにのみ流れると主張しています。
